Финкельштейн оказался в центре внимания академических кругов США после того, как опубликовал книгу под названием "Индустрия Холокоста: размышления на тему эксплуатации еврейских страданий".
Исследователя обвинили в антисемитизме и пересмотре темы Холокоста. Финкельштейн в ответ заявил, что в своей работе он указывал на то, как обвинения в антисемитизме позволяют Израилю проводить жесткую политику в отношении палестинцев, а некоторые еврейские организации эксплуатируют Холокост для собственных целей.
Работа Финкельштейна вызвала негодование у многих исследователей. Одним из самых яростных ее противников оказался профессор права Гарвардского университета Алан Дершовиц. Он начал кампанию против Финкельштейна и направил в адрес университета Депол досье, содержащее "грубейшие академические прегрешения, прямую ложь, неправильные цитаты и извращение фактов".
После этого Финкельштейн написал еще одну книгу, содержащую ответ на критику Дершовица – "По ту сторону высокомерия: о злоупотреблении антисемитизмом и издевательстве над историей".
Позицию Финкельштейна поддержали такие видные ученые, как лингвист Ноам Хомский и историк из Оксфорда Ави Шлаим. Тем не менее, университет Депол, крупнейший католический вуз в США, не счел возможным взять Финкельштейна на постоянную должность.
Финкельштейн, проработавший в университете с 2003 по 2007 год, назвал это решение политическим.