Институт был создан в 2003 году на частные пожертвования одного из основателей компании Microsoft Пола Аллена. Проект создания карты мозга рассчитан на четыре года и на него выделяется 55 миллионов долларов.
Исследователи намерены описать 20 тысяч генов, ответственных за работу мозга. Ученые исследуют до 2000 тысяч областей мозга человека и выяснят, как их работа зависит от генотипа. Ученые надеются, что понимание роли каждого гена в процессе работы мозга позволит эффективно помогать при многих неизлечимых заболеваниях, например, при аутизме.