В открытой части письма Паттерсон хвастался своему другу президенту, что изобрел шифр, обеспечивающий абсолютную защиту переписки. В доказательство математик приложил к письму пример шифра, который впоследствии стал чем-то вроде святого Грааля для криптологов.
Смитлайн объясняет секрет шифра Паттерсона. Он основан на распространенной в то время технике шифрования — подстановке, где одна буква заменяется другой. Паттерсон в дополнение к стандартной схеме написал сообщение вертикально, уместив его в сетку определенного размера, затем разбил сетку на секции, а секции снова превратил в сетки, но уже нумерованные. Шифр осложнялся тем, что в нем появлялась масса ненужных, лишних букв. Их необходимо было выбросить из текста. Ключом же к шифру было двузначное число, которое объясняло, сколько и из какой секции ненужных букв нужно отбросить.
Чтобы взломать шифр, Смитлайн подобрал размеры секций и составил компьютерную программу, которая помогала высчитывать частоту появления в шифре так называемых двуграфов — двухбуквенных сочетаний. Так Смитлайн перебрал 100 тысяч вариантов, прежде чем решение было найдено. Оказалось, что Паттерсон зашифровал в письме начало Декларации независимости США, написанной самим Джефферсоном. Неизвестно, правда, прочитал ли сам Джефферсон послание своего друга.