ЕСПЧ признал нарушением прав Ходорковского то, что с него взыскали крупную компенсацию по первому из его дел. Кроме того, суд решил, что на адвокатов Ходорковского оказывали давление, чтобы помешать им подать жалобу в ЕСПЧ. Суд также счел, что права другого фигуранта "дела ЮКОСа", экс-главы МФО "Менатеп" Платона Лебедева, были нарушены во время пребывания в СИЗО. Суд увидел нарушение прав человека и в этапировании осужденных в отдаленные колонии, что затруднило им общение с родственниками.
ЕСПЧ, однако, не согласился с осужденными в том, что их уголовное преследование имеет политический мотив.